Istituito dal Cardinal Legato di Ferrara nel 1659. Comprende anche gli atti dell'Archivio Giudiziario del Governatorato Pontificio (1600-1807). Altra cospicua sezione è quella delle copie di atti pubblici dalla seconda metà del XVII secolo. La documentazione è priva di indici a tutto il Cinquecento, sono invece presenti repertori settecenteschi inizianti dalla seconda metà del XVII secolo con impianto di Luigi Vaccari. Conservato dal marzo 2006 presso l'Archivio Generale del Comune di Cento. Precedentemente l'archivio era depositato presso i locali della Pinacoteca Civica di Cento.