L'archivio del Comune si articola in due sezioni, tradizionalmente denominate Archivio antico e Archivio moderno. Per quanto riguarda l'Archivio della Comunità di Ferrara, il complesso ha seguito vicende conservative diverse ed è stato riaccorpato solo nel XXI secolo nella sede di via Giuoco del pallone tra il 2005 e il 2011. Esso è costituito dalla documentazione prodotta dalle diverse magistrature cittadine che si sono avvicendate negli anni 1393-1796 (con antecedenti dal 1213 e susseguenti fino al 1933). Inoltre è presente: - documentazione prodotta dalle diverse Congregazioni, Monti o Commissioni sorte nei secoli per affrontare o gestire materie specifiche come l'assistenza ai poveri o agli orfani, lavori idraulici, approvvigionamento di vettovaglie, gestione di eredità, quali ad esempio: Congregazione dei Lavorieri, Congregazione di Sanità, Congregazione per la manutenzione dell'escavazione del Po di Volano e del Po di Primaro, Congregazione sopra gli argini, Congregazione sugli interessi del Comune, Congregazione dei Pupilli, Congregazione delle docce, Monte di Sanità, Monte di Pietà, Monte delle Farine, Commissione idraulica in Modena e Conservatorio di Santa Margherita - documentazione afferente alle Corporazioni delle Arti e all'Almo Studio di Ferrara in quanto soggetti strettamente correlati con la Comunità di Ferrara. L'Archivio moderno si compone delle seguenti serie: Deliberazioni degli organi consiliari preunitari (1796-1797, 1816-1859); Deliberazioni del Consiglio (1861-1956); Deliberazioni della Giunta (1861-1956); Provvedimenti legislativi e disposizioni amministrative (1796-1956); Stampe (1797-1956); Regolamenti Comunali (1858-1972); Contratti (1878-sec XX); Copialettere della Municipalità (1797-1798); Carteggio generale amministrativo (1797-1956); Protocolli del carteggio generale e Indici (1797-1956); Catasti Censuari (1877); Stato Civile - Anagrafe (1800-sec. XX); Cartografia storica (fine sec. XVIII-1950 ca.); Opuscoli e pubblicazioni di interesse ferrarese (1705-1967). Nel tempo molteplici sono stati gli interventi di riordino e descrizione dell'archivio storico del Comune di Ferrara, di cui si sono conservati in una serie apposita gli strumenti di ricerca da essi scaturiti a partire dal XVII secolo. Nel 2023 sono stati portati a termine due interventi di inventariazione, uno relativo ai ruoli di popolazione e censimenti (1801-1951) afferenti al subfondo Stato civile e anagrafe, l'altro inerente larchivio della Comunità di Ferrara, con particolare riguardo alle sezioni denominate "Patrimoniale" e "Finanziaria".