L'esercito della seconda coalizione antifrancese, negli ultimi giorni di maggio del 1799, rioccupò la Romagna; appena un anno dopo, tuttavia, al termine di nuove vicende militari, la battaglia di Marengo segnò la fine del ripristinato regime pontificio. Ai primi di dicembre del 1800 poi gli austriaci tornavano a rioccupare Ravenna. Nel gennaio 1801, con la vittoria finale delle armi francesi vennero definitivamente stabilite le istituzioni repubblicane. A questo breve e travagliato periodo va ascritta la Regia Cesarea Reggenza .