L'archivio della famiglia Naldi (buste 11, registri 92, volume 1, fascicoli 1239, filze 21, mazzo 1, con documentazione dal 1410 in copia dell'inizio del XVIII secolo al 1806) appare chiaramente strutturato, secondo le linee più consuete per un grande e antico gentilizio, come il risultato della accumulazione progressiva della documentazione prodotta per il perseguimento delle sue finalità preminenti di un casato nobiliare (ovvero la conservazione dei diritti e dei privilegi, la perpetuazione della famiglia con adeguate politiche matrimoniali e il mantenimento e l'incremento del patrimonio mobile e immobile), e quindi sostanzialmente con serie di: istrumenti di privilegi e di titoli di proprietà e di possesso; contenzioso patrimoniale; corrispondenza; contabilità generale e particolare di famiglia, di casa e delle tenute (con: mastri, giornali, recapiti, vacchette di conti). L'archivio presenta un ordinamento per serie di documentazione uniforme ad accrescimento cronologico. Non si hanno particolari notizie dirette sulle vicende della documentazione prodotta dalla famiglia Naldi, a parte l'ovvia considerazione che durante la plurisecolare storia della famiglia essa dovette essere prodotta e conservata presso i palazzi di residenza e di proprietà, verosimilmente per lo più in Faenza e nelle proprietà rusticali. Appare abbastanza evidente come sia pressoché assente documentazione in originale anteriore alla seconda metà del XVI secolo, mentre quasi tutti i documenti antecedenti sono stati recuperati in copie prodotte soprattutto presso l'archivio pubblico notarile faentino in alcuni periodi ben definiti (soprattutto 1662-1663): da ciò si può dedurre che la documentazione precedente possa aver subito più o meno complete dispersioni, potenzialmente soprattutto nei turbolenti decenni delle "guerre d'Italia" durante le quali i condottieri Naldi furono spesso assenti dai propri possedimenti. Ad esse si cercò di porre rimedio in seguito con adeguate campagne di riacquisizione delle copie, potenzialmente collegabili anche alle annose controversie per il fedecommesso di Girolamo Naldi. L'archivio Naldi ricevette poi un ordinamento interno alla famiglia, con la compilazione di repertori alfabetici per nomi e cognomi e per tipologie documentarie dei documenti della serie-thesaurus di contratti e scritture, compilati originariamente da un'unica mano poco dopo il 1694, data del documento più recente da questa inserita nel repertorio, e poi continuati da altre mani almeno fino a dopo il 1729, con l'inserimento di altri riferimenti documentari in precedenza omessi e di citazioni di serie di cause e processi, che tutte condivisero il contestuale condizionamento in buste d'archivio segnate alfabeticamente in continuazione. Anche in questo caso l'epoca del riordino, della repertoriazione e del condizionamento di queste documentazioni pare sovrapporsi alla fase finale della secolare Causa primogeniturae che impegnò e divise i Naldi per lungo tempo. Il successivo passo epocale si ebbe quindi nel 1965 quando, a seguito del munifico lascito testamentario del conte Luigi Zauli Naldi (1894-1965), personalità di raffinata cultura che si segnalò - fra l'altro - per essere stato assieme a Gaetano Ballardini uno dei fondatori dell'attuale Museo Internazionale delle Ceramiche, il complesso degli archivi (Naldi, Zauli Naldi e altri aggregati) e delle biblioteche appartenuti alla famiglia Zauli Naldi è pervenuto al Comune di Faenza ed è passato a essere conservato presso la Biblioteca comunale Manfrediana. Anche questo archivio, come tutti quelli oggetto del lascito del 1965, è stato descritto nell'inventario sommario Inventario Archivio Famiglia Zauli Naldi (1141-sec. XX) realizzato nel 2007 a cura di Allegra Paci. Infine negli anni 2021-2022 pure l'Archivio Naldi è stato interessato da un intervento di riordino e di inventariazione analitica mediante, che ha portato al recupero della distinta identità e autonomia dei complessi archivistici afferenti i diversi enti produttori, alla ricostituzione dell'ordinamento originario delle serie documentarie e alla loro descrizione nel rispetto degli standards internazionali di descrizione archivistica ISAD (G) e ISAAR (CPF).