L'archivio della famiglia Zauli Naldi (registri 2, fascicoli 1113 con documentazione dal 1606 al 1937) appare chiaramente strutturato, secondo le linee più consuete per un grande e antico gentilizio, come il risultato della accumulazione progressiva della documentazione prodotta per il perseguimento delle finalità preminenti di un casato nobiliare (ovvero la conservazione dei diritti e dei privilegi, la perpetuazione della famiglia con adeguate politiche matrimoniali e il mantenimento e l'incremento del patrimonio mobile e immobile), e quindi sostanzialmente comprende serie di: istrumenti di privilegi e di titoli di proprietà e di possesso; contenzioso; contabilità generale e particolare di famiglia, di casa e delle tenute. In stretta contiguità è conservata anche la biblioteca della famiglia. L'archivio presenta un ordinamento per serie di documentazione uniforme ad accrescimento cronologico. Non si hanno particolari notizie dirette sulle vicende della documentazione prodotta dalla famiglia Zauli Naldi, a parte l'ovvia considerazione che durante la plurisecolare storia della famiglia essa dovette essere prodotta e conservata presso i palazzi di residenza e di proprietà, verosimilmente per lo più in Faenza e nelle proprietà rusticali. L'archivio Zauli Naldi ricevette poi un ordinamento interno alla famiglia, con la compilazione di un indice alfabetico e uno cronologico della serie-thesaurus di contratti e scritture, redatti da Giacomo Zauli Naldi nel 1889. Il successivo passo epocale si ebbe quindi nel 1965 quando, a seguito del munifico lascito testamentario del conte Luigi Zauli Naldi (1894-1965), personalità di raffinata cultura che si segnalò - fra l'altro - per essere stato assieme a Gaetano Ballardini uno dei fondatori dell'attuale Museo Internazionale delle Ceramiche, il complesso degli archivi (Naldi, Zauli Naldi e altri aggregati) e delle biblioteche appartenuti alla famiglia Zauli Naldi è pervenuto al Comune di Faenza ed è passato a essere conservato presso la Biblioteca comunale Manfrediana. Anche questo archivio, come tutti quelli oggetto del lascito del 1965, è stato descritto nell'inventario sommario Inventario Archivio Famiglia Zauli Naldi (1141-sec. XX) realizzato nel 2007 a cura di Allegra Paci. Infine negli anni 2021-2022 pure l'Archivio Zauli Naldi è stato interessato da un intervento di riordino e di inventariazione analitica mediante, che ha portato al recupero della distinta identità e autonomia dei complessi archivistici afferenti i diversi enti produttori, alla ricostituzione dell'ordinamento originario delle serie documentarie e alla loro descrizione nel rispetto degli standards internazionali di descrizione archivistica ISAD (G) e ISAAR (CPF).