L'ente conserva da sempre le carte prodotte nello svolgimento delle proprie attività e quelle di alcune archivi aggregati. Durante la seconda guerra mondiale Fontanelice subì danni ingenti, fra i quali la distruzione di quasi tutta la documentazione più antica antecedente al conflitto. In seguito alle distruzioni subite anche dall'edificio municipale, il Comune si trasferì nell'attuale sede in via Severino Ferri. Qui sono state trasferite anche le carte superstiti e hanno trovato collocazione le carte prodotte da quel momento in poi. Nel corso del 2001 i materiali appartenenti all'archivio storico sono stati trasferiti presso l'Archivio Museo G. Mengoni, vale a dire nell'edificio in cui aveva sede precedentemente il Comune, ora adibito, oltre che ad archivio storico, anche a biblioteca comunale e museo.
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R. Galli, Fontana Elice, in G. Mazzatinti, Gli archivi della storia d'Italia, I, 1897-1898, p. 210-211
- F.M. Ponzetti, Notizie degli archivi d'Italia trasmesse e raccolte presso l'Archivio del Regno (1874-1939), in Archivi, s.II, a. VII (1940), p. 155, n. 380
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