Il Comune ha da sempre conservato le carte testimonianza della propria attività, che vedeva commistioni sia con l'Abbazia di Nonantola -l'altra istituzione importante sul territorio- sia con la Partecipanza Agraria. Per tale motivo sono pervenuti in possesso di questo Comune importanti nuclei archivistici. La documentazione nel corso del tempo ha subito diversi traslochi a partire dalla fine del secolo scorso con il trasferimento del Comune, che condivideva con la Partecipanza la sede di via del Pozzo, all'attuale sede di Palazzo Salimbeni, attiguo all'Abbazia. Nel trasloco la situazione dell'archivio probabilmente fu precaria e forse subì qualche depauperamento. Nel XX secolo si svolse un importante lavoro di ristrutturazione della municipio e, pertanto, nel 1998 l'archivio fu collocato in una palestra: il trasloco, autorizzato e seguito dalla Soprintendenza archivistica per l'Emilia Romagna, si svolse senza danni per la documentazione. A seguito degli eventi sismici del 2012, i complessi Archivio storico del Comune di Nonantola-Fondo Pergamene (sec. IX-sec. XIV) e Carte Famiglia Salimbeni (1798-sec. XIX seconda metà) sono consultabili presso il Palazzo della Partecipanza. Il resto dell'archivio comunale e gli altri archivi ad esso aggregati sono stati traslocati parte presso l'Archivio generale della Provincia di Modena e in parte presso un deposito dell'Italarchivi. Spazi per la valorizzazione fruibili anche per la didattica si trovano presso il Museo di Nonantola, che cura tali attività.
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